Lekareva uzvišena i jedina misija je da povrati zdravlje bolesniku - ovo je prvi paragraf  "Medicinskog organona", knjige u kojoj je osnivač homeopatije, dr Samuel Kristijan Haneman (1755 – 1843), objasnio osnovne principe homeopatije kroz 291 paragraf.

Haneman je rođen u nemačkom gradiću Mejsenu, u čijoj je okolini, tokom detinjstva, proučavao biljke jer je već u to doba pokazivao veliko interesovanje za botaniku. Studije medicine je započeo u Lajpcigu, a završio u Erlangenu. Tokom studija medicine paralelno je produbljivao svoje znanje iz botanike, hemije i stranih jezika. Do kraja fakulteta ovladao je latinskim, grčkim, engleskim i španskim jezikom. 

Već u samom početku lekarske prakse Haneman je pokazao veliko neslaganje sa klasičnim metodama lečenja. Agresivne metode lečenja koje su korišćene u to vreme nisu pokazivale dobre rezultate. Koristeći svoje iskustvo u lečenju, uz poznavanje botanike i hemije kao i mogućnost proučavanja starih i stranih medicinskih tekstova, usled poznavanja jezika, rezultiralo je stvaranjem novog medicinskog sistema, homeopatije, pred sam kraj XVIII veka. Vrlo brzo, usled uspeha u lečenju epidemija tifusa i kolere, Haneman i homeopatija postaju poznati širom Evrope.

Međutim, iako je homeopatija od samog početka pokazivala dobre rezultate u lečenju širokog dijapazona bolesti, Haneman je i dalje bio nezadovoljan. Kroz svoju praksu on je primetio da se u mnogim slučajevima, i pored dobrih rezultata u lečenju, bolesti vraćaju. Usled toga Haneman je tokom dvanaest godina ispitivao različite bolesti tako što je pratio porodične istorije bolesnika što je moguće dalje u prošlost.

Rezultat ovog dugogodišnjeg istraživanja je bila jedinstvena teorija o mijazmima, nezdravim stanjima, ili uticajima koji se provlače kroz ljudski rod iz generacije u generaciju. Mijazmi su energetski uticaji koji slabe čovekovu otpornost i time ga čine prijemčivim za štetne uticaje i dovode do bolesti. Bolesti, u klasičnom smislu, nisu ništa drugo no različite manifestacije mijazama, tj. mijazam je prijemčivost za štetne uticaje i sa tim predispozicija za razvoj određenih bolesti. Sve ovo je objašnjeno u jednom od najvažnijih medicinskih zapisa koji je ostao iza Hanemana, u knjizi "Hronične bolesti". 
Poslednje godine života Haneman provodi u Parizu gde vodi izuzetno uspešnu ordinaciju sve do svoje smrti.

Vrlo brzo homeopatija se širi u Veliku Britaniju, gde se javljaju velika imena homeopatije poput Tomasa Kupera, Džon Henri Klarka, Kompton Burneta koji je ujedno i osnivač organopatije, Edvarda Baha koji je osnivač lečenja biljnim esencijama (Bahove kapi) i mnogi drugi. Još od viktorijanskog doba homeopatija je u Velikoj Britaniji uživala kraljevsku zaštitu, a poznato je da se kompletna engleska kraljevska porodica i danas leči homeopatijom.

Homeopatija se vrlo brzo pojavljuje i u SAD, gde doživljava munjevit uspon. Na prvom mestu za to su odgovorni Konstantin Hering, a zatim i Džejms Tejlor Kent. Hering je postavio čuveni Zakon lečenja koji kaže da se izlečenje uvek odvija u istom smeru, tj. simptomi se kod izlečenja uvek kreću: od iznutra ka spolja, sa vitalnijeg organa na manje vitalan, od gore prema dole i obrnutim redosledom od prvobitnog pojavljivanja. Hering je i osnivač izopatije (ono što izaziva bolest će je i izlečiti). Kent je posle Hanemana, svakako bio najuticajniji homeopata svih vremena, poznat po tome što je uveo konstituciono lečenje i naglasio važnost mentalno – emotivnih simptoma.

Nakon ogromnog uspona homeopatije tokom XIX veka usledio je pad pred sam kraj istog veka. Dvadesetih godina XX veka braća Borike, Viliam i Oskar još jednom podižu homeopatiju na noge u SAD. Viliam Borike je pronašao šestu i poslednju verziju "Medicinskog organona" (slobodno možemo reći da je to homeopatska Biblija) koju je Haneman završio pred smrt, ali je nikada nije objavio. To je verzija koju danas u praksi koristi najveći broj homeopata. U Velikoj Britaniji 1948. godine homeopatija je uvrštena u Nacionalni zdravstveni servis, a od sedamdesetih godina je u neprestanom usponu u svim delovima sveta.

Vremenom su se pojavili različiti pravci u homeopatiji. Homeopatija koja se zasniva u potpunosti na principima koje su primenjivali Haneman, Kent, Borike i drugi je klasična homeopatija iz koje su se razvili svi pravci koji danas postoje.

Iako je kod nas homeopatija počela da se praktikuje tek odnedavno, dr Petar Stanković je spominje u knjizi "Božanstvena medicina" koja je izdata još daleke 1941. godine. Decembra 2005. godine u Srbiji je donet prvi zakon o praktikovanju tradicionalnih medicinskih sistema, u koje spada i homeopatija, a decembra 2007. godine ovaj zakon je dopunjen podzakonskim aktima koji su u potpunosti regulisali ko i na koji način može da se bavi homeopatijom u Srbiji. Tada je Ministarstvo zdravlja Srbije formiralo komisiju za tradicionalne medicine čiji je član i dr Lazar Trifunović.